I FatesCrossed er hovedpersonens liv tragisk etter at en mystisk hendelse for år siden fikk ham til å miste moren sin. Etterlatt hjemløs og på drift endres skjebnen hans når en mystisk jente ved navn Lilly kommer inn i livet hans. Lilly, som hadde mistet kroppen og bare kunne ses av hovedpersonen, tilbyr ham husly sammen med sin beste venn i bytte mot hans hjelp. Til tross for deres bånd, førte søket etter hans savnede mor bare hjertesorg og blindveier. Men når håpet ser ut til å være tapt, kommer et skjebnesvangert brev som setter hendelser som vil forandre alt i bevegelse. Nå må han balansere skolehverdagen mens han avslører mysteriene fra fortiden hans.