I Heroes Rise: Prison Break - Del 2, er karakteren din i et rart land der alle heltene har blitt beseiret og satt i fengsel. Skurkene har nå ansvaret. Merkelig som du befinner deg i dette landet, skjønner du at du ikke er i din egen kropp, men i stedet lever i en forræders kropp. Denne forræderen er hatet fordi han forrådte heltene som sitter i fengsel, og det er grunnen til at de ble satt i fengsel. Så nå må du på en eller annen måte rettferdiggjøre din eksistens og finne ut hvordan du kan få alle ut av fengselet.