I Lesbian Academy spiller du Ava, en 18 år gammel college-nybegynner som begynner sitt første semester ved Luna & Aubade University, en eksklusiv skole for alle jenter kjent for sitt nært sammensatte samfunn.
Ava bosetter seg i, blir med i volleyballaget, starter en sorority og utforsker romantiske forbindelser med klassekameratene, som kan føle seg kjent. Dine beslutninger vil forme Avas historie og påvirke hennes forhold og reise.