I Valkyrie: The Fall, Alliance of Free Planets, innelåst i en hundre år lang krig med sine sverget fiender, vender seg til en av de mest elitekreftene-den helt kvinnelige 6. uavhengige bataljonen. Deres oppdrag: å sabotere et farlig nykterran forskningsprosjekt som kan forskyve maktbalansen.
Selv alliansens mest dyktige krigere er imidlertid uforberedt på de skjulte farene som lurer i galaksens mest glemte og forræderske hjørner. Det som begynner som en operasjon med høy innsats blir snart en kamp for å overleve mot trusler utenfor fantasien.